De NVMO reikt sinds 2010 de tweejaarlijkse NVMO Prijs voor het Beste Proefschrift op het gebied van onderwijs in de gezondheidszorg. Het doel van deze prijs is het stimuleren van excellent onderwijsonderzoek in de gezondheidszorg en het belonen van excellente onderzoekers. De winnaar van het Beste Proefschrift ontvangt een oorkonde en een geldbedrag van € 1.500,- dat de promovendus naar eigen goeddunken kan besteden.
In aanloop naar het NVMO Congres worden drie kandidaten genomineerd voor deze prijs. Een speciaal samengestelde jury voor de Prijs voor het Beste Proefschrift beoordeelt alle inzendingen en kiest de winnaar voor de Prijs voor het Beste Proefschrift. De uitreiking van de prijs voor het Beste Proefschrift vindt plaats op het jaarlijkse NVMO Congres. De bekendmaking gebeurt via NVMO-website, de NVMO nieuwsbrief, social media en als mededeling in Medical Teacher (News & Notes), MedEdWorld.org en indien mogelijk andere internationale media.